MPI- Mahasiswa baru tahun 2023 yang diterima kuliah di IAIN Syekh Nurjati Cirebon wajib untuk tinggal di mahad baik mahasiswa putra maupun putri. Di mahad ini selain mahasiswa belajar di kampus, mereka juga diberi pelajaran mengaji. Program pesantren Al-Jamiah ini merupakan program yang akan melatih mahasiswa (santri non muqim) untuk membaca kitab kuning selama satu semester. Adapun kapasitas gedung Ma’had Al-Jami’ah IAIN Syekh Nurjati Cirebon terbatas, hanya mampu menampung sekitar 20 persen saja dari jumlah mahasiswa baru. Keilmuan yang ada di ma’had (IAIN Syekh Nurjati Cirebon) pun memang diciptakan untuk menciptakan alumni yang profesional di bidangnya masing-masing dengan mengintegrasikan keilmuan mereka sesuai jurusannya masing-masing.